# 多尺度材料模拟与计算 (LAMMPS 实验） [TOC] ## 1. Jupyter Notebook MD 运行 ### 1.1 登录超算可视化平台 浏览器中访问超算 Studio 可视化平台 https://studio.hpc.sjtu.edu.cn/ 其它登录方法请见 [HPC 文档](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/login) ### 1.2 打开 Jupyter  选用思源一号 16 核 `Siyuan Cluster 16cores`。最长所需时间可自行修改。然后点击 `Launch`  预计等待十几秒时间，待资源分配后，左下方会出现 `Connect to Jupyter` 按钮，点击进入  ### 1.3 上传 ipynb 文件和势函数文件 本次实验需要用到两个文件： - Jupyter Notebook 文件 [1-Bulk-Energy-Cu.ipynb](https://hpc.sjtu.edu.cn/test/cms/1-Bulk-Energy-Cu.ipynb) ，含有 LAMMPS input 中的命令，以及绘图可视化等； - MD 运行所需的势函数文件 [Cu_u6.eam](https://hpc.sjtu.edu.cn/test/cms/Cu_u6.eam) 需要将上述两文件分别下载到自己电脑上，然后再将其上传到 Jupyter：  上传成功后，点开 `1-Bulk-Energy-Cu.ipynb` 文档 ### 1.4 选择 lammps 2022 环境 在 Jupyter 界面，依次点击 `Kernal > Change kernal > lammps 2022` 成功后，右上角会显示 `lammps 2022`  ### 1.5 运行 在 Jupyter 界面，依次点击 `Cell > Run All` 开始从头运行 包括 LAMMPS 计算、绘图、原子可视化 成功后，最底下会出现原子图  至此，LAMMPS 运行成功 ## 2. 使用 OVITO 更自由查看原子构型 若需查看和操作原子，可用 OVITO 软件打开刚才 LAMMPS 生成的 dumps 文件。方法： 在浏览器最初打开的 Studio 标签页里，点击 `ovito`  默认的时长和核数即可，点击 `Launch`  等待上十秒，当 `Launch ovito` 按钮出现，点击进入 ovito  在 ovito 界面，点击左上角的按钮，在文件夹中的 `dump` 文件夹里随便选择一个lammpstrj 文件:  至此在 OVITO 里正常加载了原子构型:  ## 3. 数据传输 轻量数据上传和下载，可以使用 HPC Studio 可视化平台的文件管理功能 Files -> Sy Home Directory  然后可以上传下载文件  其它数据传输说明，请见[超算使用文档](https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/transport/index.html) ## 4. 参考资料 * 超算使用文档: https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/ * HPC 网站：https://hpc.sjtu.edu.cn * 简短版使用手册（Cheat Sheet）：https://hpc.sjtu.edu.cn/Item/docs/Pi_GetStarted.pdf * 公众号：交我算